doxy: support inline LaTeX

doxy: test scripts

doxy: specify include directories on cmdline

doxy: fixed calculation of class desc last line

doxy: collapse empty comments instead of removing

Necessary to make thtml2doxy idempotent (i.e. 2nd pass should make no
changes)

doxy: deal with empty/not present class comments

doxy: deal with empty method comments

doxy: assertions in ctors to enforce consistency

doxy: do not abort if member has no description

doxy: removed old script, kept only libclang one

doxy: strip HTML before parsing date/author

doxy: preserve internal comment indentation

doxy: strip some HTML tags

doxy: Ignore Begin_Html and End_Html tags

doxy: added params description on self-doc

doxy: parse date and author(s)

doxy: always add class name

doxy: parse class description comment

doxy: correctly ignore first blank line in comment

doxy: remove garbage lines from comments

doxy: always print line (also when parse error)

doxy: parsing member comments is now idempotent

doxy: minor member comment regexp fixup

doxy: parse data member comments

doxy: do not process included files

doxy: also consider ctor/dtor

doxy: separate function for parsing method desc

doxy: optionally output conversion to stdout

doxy: THtml->Doxygen member function descriptions

doxy: save columns in comment instance

doxy: comments in a separate class

doxy: better comment cleanup

doxy: emit comment when complete

doxy: added logger to THtml parser

doxy: multi-line block does not continue a single

doxy: single-line block does not continue a multi

doxy: refactor single/multiline comments

doxy: distinguish two comments divided by blanks

doxy: libclang to look for comments (prototype)

doxy: helper for THtml -> Doxygen

doxy: generate doc for private/static members too

doxy: importing MUON

doxy: honor CMake's path for Graphviz's dot

doxy: show rel paths, hide external deps

doxy: added ALICE logo

doxy: custom build target for documentation

Generate it with "make doxygen"

AddTask update

Include q2 binning and builds from C3 fits

Fix coverity

- Coverity fixes

Putting PMT default gain as for p-p to prevent null signal in case of unforeseen beam type strings

pt cut in TPC only q vector calculation

fix the double free in TPC (online) calibration

when running in the HLT simulation, AliReconstruction cleans the OCDB
cache which leads to a crash on AliReconstruction::Terminate().
fix is to not delete the object contained in the AliCDBEntry (which is
owner) and let AliReconstruction clean up at the end.

Exclude only phi in MC mode "exclude resonances"
- only for testing

Coverity fix

- Coverity fixes

coverity fix

Fixing coverity defects 24797 and 24795

Fixing coverity defect 24253

Fix coverity defect 24647

Adding histograms for triggers in drawing macro of correlation functions

CMAKE: CMakeLists.example skeleton
Added CMakeLists.example skeleton containing instruction
on how to create a dynamic/static library

use TFile::Cp with option: copyMethod=tfilecp

coverity

ALIROOT-5744 Add macro to generate the geom 2015

AD is added but left off for the moment, waiting for validation.

CPV modules are added in PHOS, although only one is really installed
now.

In addition, the include paths are corrected.

Coverity 24334, 24335

There was no point in using an unsigned integer as counter, as far as I
can see.

Installation of FASTSIM data

More FEE parameters in calibration object

Add protection: do not replace // in raw://

Install macros and scripts needed for QA

Coverity Fix (Igor.Altsybeev@cern.ch):
- warning: inline function 'Bool_t AliLRCProcess::IsPhiInRange(Double_t, Double_t, Double_t)' used but never defined [enabled by default]

STARLIGHT update:
 - update to r193
 - propagation of kinematical parameters for gamma-gamma processes
 - added a cut on the rapidity of the mother partice

Avoid naming clash in container names

removing dependency to HIJING library (AMPT has its own HIJING and loading the HIJING library from AliRoot causes a SEGV)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Added SPD outlier trigger bit

Alternative SD and DD for DPMJet

Test of using NSD events only

Fix in fakes prob. calculation

D_s systematic uncertainties in 0-10% and 20-50% (Anastasia)

GIT: Fix for output of git rev-list to the input of wc -l
execute_process() Runs the given sequence of one or more
commands with the standard output of each process piped to
the standard input of the next.

following up on library renaming

GIT: use rev-list --count for > 1.7.2 and simple count for older versions
git rev-list supports --count from versions > 1.7.2
For the older versions counting the lines of git rev-list output
is used for generating the serial number for ARVersion.h

Not setting the default storage to local if the snapshot is there

 updates from naghmeh

Use jet pt binning for jet pt axis

Add jet base histogram in the MC jet analysis component + change name of the jet histogram in the rec jet analysis component

ATO-91 - join attachment plots for A and C side (Patrick)

Fix building task directory name

Fix propagation of the trigger bits to the trigger patches

Add Histograms for jet analysis

Add functionality for debugging

- Allow for different track cuts
- Use special binning for jet pt
- Comment out redundant jet information tasks

Minor updates and add participant information to output for fast simulations

Bugfix in filling jet-based histograms

Files for PHOS trigger utils

Use PHOS trigger utils

Add class with PHOS trigger utils

AliErrors related to zero weight removed

add protection to 0 division, change debug statements