ATO-119 - solving merge conflict

ATO-97, ATO-78 - implemented convolution of calibration parameters. Used in order to correlate Pulser (electronic) and Krypton (combined: gas gain + electronic) gain calibration

ATO-97, ATO-78 - speed-up creation of the AliTPCCalPad objects from TTree

ATO-97 - addopt to the new naming covnevention for branches in calibration trees

ATO-97 - adding defaul aliases for per pad calibrations

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-97 Function to connect CalPads trees into the common Tree as friend trees. naming convention derived from the directory structure

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-78 adding functionality to connect Pulser calibration trees.

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-78 - added default aliases for visualization of calibration trees

ATO-78 - edge handling (mirroring out of range pads) set as an option

ATO-78  - Robust filters  - modifications for boundary values
AliTPCCalROC.cxx AliTPCCalROC.h test/UnitTest.C

AliTPCCalROC.cxx  - handling of edge effects for the median and LTM filters (http://en.wikipedia.org/wiki/Median_filter#Edge_preservation_properties) + mirroring values at the boundaries
AliTPCCalROC.h    - check the ranges
test/UnitTest.C   - check invariants of median and LTM filters - assert in case of failures

ATO-78 - Technical changes to compare different calibrations

TTree interface:
1.)  AliTPCCalPad::MakePadFromTree  : Import TTree::Draw("query") --> AliTPCCalPad
2.)  AliTPCCalPad::AddFriend(TTree * treePad, const char *friendName, const char *fname) :Export AliTPCCalPad -> TTree

Filters:
1.) Bool_t MedianFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad);   - Replace the pad calibration with median in neibrhood
2.) Bool_t LTMFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad, Float_t fraction, Int_t type) -  Replace the pad calibration with LTM statistic  in neiborhood

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCCalPad.cxx
TPC/Base/AliTPCCalPad.h
TPC/Base/AliTPCCalROC.h
TPC/Base/test/UnitTest.C

ATO-78 a.) adding aliases used for gain correction fitting \n b)Kr and QA prefix for friend trees

ATO-98 - function returns also status value

ATO-98 - Connecting distortion trees - selection as an argument

ATO-98 -adding additonal distortion/correction to the list of primitive/derivative distortions. Misalignment of the field cage strips

 ATO-98 1.) distinguish between the refX radius and extrapolation radius 2.) Adding test to measure the speadd of fast parabolic fit and helix fit (CPU is the same, time spent in the evaluation of distortion not in the fit)

ATO-98 - forgotten  commit - Getter for regstered correction - to enable change of the omega tau factor

ATO-98 bfield(omega tau) used for the diestortion calculation used as an argument of fits (before taken from the OCDB). Modification made  to enable fitting of residuals for differnt B field in the same AliRoot session.

ATO-98 make macro to calculate correction derivative again working

Adding pxpx Task: prabhat

Merge branch 'MyDevBranch'

Adding useful print out in case of issues

fix running with QAresults_barrel.root

Pythia Event Weight changes

Pythia Event Weight modifications

bug fix

bug fix in merging

macro to run generation only with choice of generators (S.Jena)

Fixing a hidden overlap in the IB model 22 (Mario)

 fix for streamer and reading of external file

Create wrapper for JSON macro that calls traditional macro, and add development JSON with ending JSON

Changes relative to restructuring of the JSON core
====================================================
- Use renamed JSON types in the macro
- Call JSON trigger maker add macro in the Jet preparation macro

Refactoring of the package
============================================
1) Move core json functionality to PWG/Tools
2) Simplify naming convention
3) Build EMCAL JSON Configuration on top of core JSON

Add the first macro that uses the JSON configuration instead a list of hard-coded parameters

Add header and implementation file for the new class

Add class for intersection of a user and a default configuration

Bug fixes in the JSON Parser + add print functions to the configuration object

- Derive value types from TObject so that they can be used in CINT
- Implement ostream operators

Include EMCAL JSON classes in compilation

Creating classes handling the configurations for the Jet EMCAL train as JSON strings

Add JT task from Tomas Snellman

make binning more coarse

T0RawReader : read 1 or 2 TRMs

text loookup table

set LookUp table

set LookUp table

LookUp table for run2 with 2 TRMS

 removed overlapls with MFT support

better log validation

use leading track unsubtracted jet for data only

Set ill-formed small numbers to 0

The LHgrid files contains some very small values, which should be 0.
If the value exponent is a negative number with three digits
the exponential notation is dropped.
This seems to be harmless, except when running pre-compiled code on grid.

fix AliHLTGlobalEsdConverterComponent

after flatdev branch merging:
-- removed lots of std::cout
-- disabled creation of ESDfriends (sloooow)
-- fix library linking
-- bit of code cleanup

Add correlation with EP

reduce output

ATO-91  Update in TPC-QA trending: MIPattach now part of dEdx descision in status bar. Status bar descisions written as friend tree to trending.root (creates trending.backup.root before). Plot ranges mostly variable now. (P.Reichelt)

ITS PID

-fixed small bug for new flow task in default constructor

Fixing bug in AliAnalysisMuMuNch related to MC

added time information

generate random seeds based on time (Emilia Leogrande, eleogran@cern.ch)

activating fast SDD cluster finder in HLT

Correct configuration entries in the TPC OCDB

Updated macros for physics selection QA

Add few control histograms - Adam Matyja

 use PID contour database file (naghmeh)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

added libraries to AddTask in order to include flow package

prettier logs

Correct bug in gas composition map processing

hjet mass ana update + bug fix

Task for Phi with ITSsa tracks

modified trainconfig GammaConv PbPb 124 to 131

Merge branch 'AndreaV2Changes'

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

addapted linker files with new dependencies for PhotonFlow

added task for Photon Flow via Skalarproduct by Andrea Dubla

Add event rejection in Filter task as well to avoid any duplicated events in latter analysis and new input card for PbPb analysis

removing custom streamer of AliHLTCTPData

The custom streamer caused some runtime errors, the schema evolution
rules (#pragma read...) for this class are sufficient.

Minor changes.

new option for tests in alifakedisplay

 fix minor inconsistency in book histogram functions

 add pt leading axis to dijet matching histos

AliAnalysisMuMu helper classes update

fixed streamer issues

fetch correct max track pt for constituent subtracted jets

add h-jet jet mass analysis class

Merge branch 'MyDevBranch'

Flag added to allow to switch off the new feature of TOF mismatch in the probability computation (F. Noferini)

AliAnalysisMuMu classes update

 patch for mistake in bitwise comparison for trigger QA, added function to print full trigger info

Loop only over MC true tracks in case of MC information

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

bug fixing in pr task : sjena

changed Addtask_PbPb for Lucia

fixing memory leak in pr task : sjena

Added a row deleted by mistake

Re-commit deleted class to avoid compilation errors

Fixing compilation error

Change in the CMakelibPWGLFspectra.pkg to take into account the change from previous commit

Removed some classed (Same code in JCORRAN packet under PWG-CF) + polished remaining code to  get rid of the compiler warnings.

Trigger Associated with tracks 15<pT<100