reverted commit 092db0d78a7a4058bb5893bf8110127f6fa3bfe1

 suppress unmergeable output to run jet v2 mc task on farm

Add: 1) correlation plots for events with a D candidate, and with a candidate in the mass range, 2) plots for events with only physics selection passed (no vtx nor centrality requirements), 3) adjust correlation plots bining

- Activated 10m cut in low density materials (Geant4)
- Added runMC.sh test which allows to run MC only

ALIROOT-5526 - Using short SHA1 for the alimdc rpm

Switch to AliGenPythia for more flexibility (tunes etc). Update for FJ3

decrease width of event mixing bins

RelVal: more retries w/pauses on VM + small fixes

Config example: explicitly set the number of concurrent jobs for
Makeflow. Also fixed a problem preventing from copying over keys with
too restrictive permissions.

 add options for on-the-fly analysis of toy mc jet v2 events

avoid duplicated code in case of AOD/ESD mc particles analysis in acceptance, fix the selection of photons in acceptance

remove one histogram for primary not needed, case corresponds to any decay, change comments

optionally when checking the primary acceptance, check the calorimeter real acceptance and not only the analysis fidutial cuts, set what is the main detector for the candidate isolation, in case we use at some point track derived objects instead of calorimeter clusters

Add option to check the real acceptance of the calorimeters for MC particles

Add optional debug print

 Add method to check if a MC particle hits the calorimeters realistic acceptance

Commit for Nicole - added static cast for compatibility with C++11

coverity fix from F.Prino

reject fake correlations when the trigger particle and the daughter track have the same sign

Update from Daniil

Fix for the case of non-existent calibration files

Adding cut in the shared TPC cls between trigger particle and daughter track for rejecting fake correlations

ALIROOT-5554 ATO-19 - fix to handle change of user interface in ROOT TFormula + UnitTest to check that interface is still working

dielectron update from ShinIchi

Fix in the TRD time-offset calibration (Hans)

Updates to flow tasks. In particular to MC stuff.

make compile in case of FJ2

compact the MC histograms into arrays, arrange histogram ordering, fix histogram title in case of large max, reorganize add cosmetics to FillAnalysisMakeHistograms

update GetJetMasS() function

clean-up

clean-up

Add jet mass to tagged jet correlation

add mass plot vs pt jet 2

add tagged jet mass to response matrix

fix warning

update GR analysis task

add AddTaskJetShapeGR

accept also neutral particles + add eta,phi histo

setter for charged only

updates to AliEmcalJet, AliEmcalJetTask and AliFJWrapper to include subtraction of G(R) variable

fix warnings

add GR for jet derivative method

add jet shape G(R) analysis class

New plots for checks of SDD DA output

bugfix in filling of NJ and OC histos

Additional protection

Initialization of local arrays

Added Event Plane dependence in PhiCorrelations code and some random typos.

Signed-off-by: rbertens <rbertens@cern.ch>

 added info on evaluatation on weighted merging of vzero event planes

adding extra cut on TPC shared clusters (only in AOD mode)

The default cuts are now for PbPb (Maximiliano)

A little bug fix (Maximiliano)

update from Markus

add method to study at generation elevel, Adam Matyja

remove duplicated setting, and some cosmetics

avoid duplicating code due to different MC access in AOD and ESD, fix few issues in isolation of primaries

Updated PID for D0 at low pt (Christian Mohler, Andrea Rossi)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

- fixes in AliAnalysisTaskGammaConvCalo.cxx

another slight revision of calibration maps

- added new Task for omega analysis using conversion in the 3 pion channel + dependencies

Merge branch 'master' of http://git.cern.ch/pub/AliRoot

Update EMCal pPb

technical fix (misprint)

Store more infos in the tree

Improved messages and protections

 fix compiler warning

added flavour tagging for Andy, fixed pp-bug, added beamtype for usercreateobjects

Signed-off-by: rbertens <rbertens@cern.ch>

Replace - with . in the rpm spec file

- usage of the git cmake module generated variables instead of calling git as a command
- replace the - with . in the Release and Version in the spec file

ALIROOT-5528 ATO-65 - replace FitSlicesY with robust fit function (commit after one run test - streestest with full LHC11a data to come)
TPC/Calib/AliTPCPreprocessorOffline.cxx - using robust fit instead of fit slices TStatToolkit::MakeStat1D( histQmax,0,0.8,4,kMarkers[padRegion],kColors[padRegion])
STAT/Macros/TStatToolkitTest.C  - update of test ToyMC routine comparison of different robust options

Fixes for invalid write, detected by valgrind

Do not add vertices w/o contributors to temporary array

 add calibrated combined vzero EP for LHC10h data

multiple updates for jet v2 task (should have been multiple commits actually)
a) added calibrated combined vzerp EP for LHC10h data
calibration is forked from the procedure used in the flow package (to avoid dependency)
combination relies on weight (chi) evaluated from event plane resolution of vzeroa and vzeroc
b) added functions to evaluated q-vectors (component wise) for different sub-detectors
c) converted helper functions to static functions
d) added missing debug flags
e) removed deprecated code (event selection)
f) fixed infinite loop bug in QA routine which occured when expected runnumbers did not coindice with detected runnumbers
g) fixed devision by zero bug for events with 2 (or less) accepted tracks

try to fix compilation problem in call to destructor, move some specific AOD methods to the AOD reader

- fix for MC bugs in AliAnalysisTaskGammaCaloConv, fix for trivial bug in AliAnalysisTaskEtaToPiPlPiMiGamma

move the check of the primary vertex for AOD and ESD to corresponding reader

remove check for old AOD data format

add requierement of field on in the input handler, put back proper hybrid track selection for ESDs in photon Isolation analysis

add switches for the filling of isolation band and underlying events histograms, for cell bands and UE, for TRD covered Super modules, and high multiplicity events histograms

move track selection differences from AOD and ESD to corresponding reader

Removed hard coded histogram switch to allow turning off and on of histograms in AddTaskMatchingChain.C

Further fixes for compiler warnings etc

Clean up some compiler warnings

Add V0 in jet code from Xiaoming

Error verification location fixed

Safer Initialization

slightly revised calib maps

Untriggered DEtaDPhi: config for Kinematics train + correction to corr. fun.

Add deltaR vs pt D ptj

Commit from Raphaelle: AddTaskTRD for pileup rejection in CPass.

Reprocessing 2012 (TRD)

made const array arguments of GetPredictedChi2 methods

Improved patch for centrlaity flattening for 10-20% bin (Kishora)

Bug fix: introduced new members for pt-dependent cuts to solve problem with reset of previous limits (Massimo)

Second signature for AddTaskEmcalJetSample that takes the relevant information from corresponding AliEmcalJetTask (A. Sevcenco)

added option in AddTask to change the container name, needed for LEGO Trains

Adding correlation of the shared tpc clusters between the trigger particle and the daughter tracks

- Don't change binning of multiplicity, if not stored (in order to maintain jet code for pp (otherwise everything goes to underflow bin)) - Added manual overwrite for storing the centrality - Only write output files if they are filled

- Added track filter mask to task name - Added some printfs for task configuration

- Added scatter plot for jet pT versus reference multiplicity (|eta| < 0.5, 0.8)

Code from Levente:
i.) MakeITSUSimuParam.C
Introduced new function MakeITSUSimuParam_1stDigital to test the digital chip response.
ii.) AliITSUSimulationPix .h and .cxx
Added new methods : Hits2SDigitsFastDigital and PlaceDigitalPixels to simulate digital chip response. The PlaceDigitalPixels will be developed further, since now it only contains one single patter cluster whose CoG (x,z) is randomly placed wrt. The hit position within [-5,5] um.
New  simulation parameter added: kDigitalSim. 1 = didigtal , 0 = analogue simulation. It is set in MakeITSUSimuParam.C

correct typo

correct typo

Bug fix (Chiara)

ALIROOT-5538 ALIROOT-5433 Reconstruction aborts in HLT

adding gain factors (mainly determined by Kr calibration) to the summary files

also set default names of input cells and triggers when empty string is given

remove parameter in function not needed after last commit

fix format of print