Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

- added additional event selection for LHC11a EMCAL analysis, due to hardware problems in EMCAL

Update in Trigger PID Corr: Debojit

Do not skip non-empty blocks in TPC CA Tracker

lower cell energy

Fix of AliEveConfigManager for compilation without ZMQ.

add possibility to select the track mass hypothesis from ESDtrack->GetMass or ESDtrack->GetMassForTracking

small update in geo doc

Mark all button added to admin panel.

spd tracklets-vs-cluster cut in event selection; truncated mean for HighMultTrigger

turn-on pileup rejection by default

Loop over marked events added to Event Display.

Fixing bugs in Event Display

LHAPDF5.9.1 always requires -DCTEQ flag

Enlarging window for DCS DPs retrieval for short runs for GRP + Keeping connection to grid alive when no activity is there

Enlarging window for DCS DPs retrieval for short runs for GRP + Keeping connection to grid alive when no activity is there

update geometry doc

added comments in header file, TProfile objects now transient

update docs

Bugfix: removing ","

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Fix after changes for nanoAODs

Change in Lego train AMPT macro:
- make ptHardMin variable

 Make getters constant

don't lie in the log!

add the possibility to process the event stat file

additionally run the user functions in a subshell

ATO-78 - added default aliases for visualization of calibration trees

delete obsolete macro

Removing obsolete calibration macros.
(Calibration macros in PWGPP CalibMacros directory)

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Fix

ATO-97 - addopt to the new naming covnevention for branches in calibration trees

ATO-97 - adding defaul aliases for per pad calibrations

ATO-97 Function to connect CalPads trees into the common Tree as friend trees. naming convention derived from the directory structure

ATO-78 adding functionality to connect Pulser calibration trees.

ATO-78 - edge handling (mirroring out of range pads) set as an option

ATO-78  - Robust filters  - modifications for boundary values
AliTPCCalROC.cxx AliTPCCalROC.h test/UnitTest.C

AliTPCCalROC.cxx  - handling of edge effects for the median and LTM filters (http://en.wikipedia.org/wiki/Median_filter#Edge_preservation_properties) + mirroring values at the boundaries
AliTPCCalROC.h    - check the ranges
test/UnitTest.C   - check invariants of median and LTM filters - assert in case of failures

ATO-78 - Technical changes to compare different calibrations

TTree interface:
1.)  AliTPCCalPad::MakePadFromTree  : Import TTree::Draw("query") --> AliTPCCalPad
2.)  AliTPCCalPad::AddFriend(TTree * treePad, const char *friendName, const char *fname) :Export AliTPCCalPad -> TTree

Filters:
1.) Bool_t MedianFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad);   - Replace the pad calibration with median in neibrhood
2.) Bool_t LTMFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad, Float_t fraction, Int_t type) -  Replace the pad calibration with LTM statistic  in neiborhood

 adding standard aliases

ATO-78 a.) adding aliases used for gain correction fitting \n b)Kr and QA prefix for friend trees

added method to get phi of track position in lab

Use TPCtrack::GetMass() instead of ESDtrack::GetMass() in initial propagation

Fix

Add drawer of empirical

In fall-back ,try to ignore field query

Enable OADB fall-back

Took out L3 field from ELoss selector

Fixes

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Backward compatibilities

Various updates, and prep for Train base class

ATO-58 digitization and hit creation in anohter loop (to take into account properly diffusion)

ATO-18 - a.) Removed upper limit on number of electrons. b.)Use qMax correction if signal fully under threshold

Small fix:
- adding impact parameter range as optional

Update AMPT macro:
- adding user options: string melting and no ART
- adding Boost to LHC
- adding decayer

Update User Task

Fixing a little memory leak

Remove compiler warnings

put different cluster parameters (time, n cells, n SM) in the AOD particle, recover it in different analysis task

Update

including possibility of selecting negatively charged kaons and pions

cosmetics

added correlation plot for pt resolution vs length of track, eventplane determination modified, cleanup of unused functions

Adding efficiency for the following selections: ctau, ficutial volumen and transverse momentum of daughters

Restrict amount of trigger bits to size of int

Fix case sensitivity on Linux

- Add simple QA to the trigger patch maker and set the default to
  disabled
- Identify L0 patches by the trigger bits in MC and by the timing cut in
  data

Changing GetZv to GetZ

Making the cluster finder ignore digits with large RO cycle values

TPC percentile calibration

Moving required CMake version from 2.8.4 to 2.8.8

fix run number when no run list is provided (C.Hadjidakis)

Usage of VZERO equalized multiplicity. (a) Add function to compute it (b) Add flag to evaluate different z-vertex corrections: 0=none, 1=data-driven, 2=esd-parameterization (c) Evaluate the correlation among estimators

changed binning, sparse axis used, removed unused code

AliAnalysisTaskEmcalJet: Add possibility to not use pileup rejection with AnaUtils. HighMulTrigger: add SPD cluster vs tracklets correlation + change event selection

classes for trigger studies

fix some warnings

move class to correct lib (PatchFromCellMaker to PWG/EMCAL)

add event selection

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

move string data members to int; add more calo specific information: time, ncells, sm number; cosmetics

Compilation with Root6, lost in the previous commit

Adding using std::...

Adding STEER/ESD to EINCLUDE

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

fine tuning of TOF tail (developing task)

Bugfix for empty event mixing histograms
- do not add vertex/centrality subbins, if event mixing histogram is empty
- store number of triggers
- subtract from all triggers for correct normalization

AliAnalysisTaskGammaConvDalitzV1: Bug in the TruePhotonCandidates function fixed

 removed unnecessary include path

 cmake and linkdef changes for new task

 new task from nagmeh

Calculation Ecross resored

Fixing compilation issues after merging

Fixed casts in calls to AliAODEvent::GetHeater/GetTrack

Fixed cast to AliVAODHeader

Added missing cxx for AliVAODHeader

CMake pkg file and linkdef changed accordingly.

Fixed LinkDef after renaming some NanoAOD classes

Undoing changes to AliGlauberMC

Added dynamic_cast to AliAnalysisTaskFemtoESE.cxx (GetZv->GetZ)

Completed changes needed because of previous commit

AliAODEvent::GetTrack was changed to return AliVTrack* This required
patching several users tasks.  The most common patch consisted in
adding an explicit dynamic_cast to the GetTrack and checking for a non
null pointer.

Changed AliAODEvent::GetTrack to return AliVTrack* (and not AliAODTrack)

This change is needed for the NanoAOD developement.
In this commit, AliAODEvent has been patched so that the track type is
explicitly checked when needed.
This commit does not compile (tasks still to be patched).

AliAODEvent::GetHeader() returns AliVHeader

Transition completed, added dynamic or c-style casts where needed

AliAODEvent::GetHeader now return AliVHeader

This required patching the base classes in a few places and moving
some of the NanoAOD to STEER/AOD and checking which actual header is
contained in the AODEvent class in a few places.  This commit does not
compile (analysis tasks which use AliAODEvent::GetHeader still need to
be patched)