c++11 fix

Fixing wrong TDI screen positioning

CMake: DEBUG has -O0, print C++ flags when cmaking

CMake: export ROOT's C++ flags, libc++ and C++11

fix for ITS SA nuclie PID (F.Prino,B.Hess,F.Noferini,S.Trogolo,J.Wiechula)

- change of ZDCC mothervolume to make space for AD geometry
- correct size of MBXW

The last missing parts of the OB geometry from Mario (U-legs etc)

CMake: Install Find modules used also by AliPhysics

ZDC: install light data files (fixes ALIROOT-5789)

Description of Module 4 (geometry 2015) added

QA histograms for ESDs and DigitsR

Bug correction
Theo Rascanu

Add index i to GetCalDCSFEEObj()

QA histogram for SDigits

More QA histograms for hits and digits

Optimized cuts for beam pipe

Add index i to GetCalDCSFEEObj()

dding protection against not existing TDI configuration

Fixing missing ;

Geometry for run3 implemented with updated TDI

Production of raw data from simulated digits

Filling BB flags in digit with trigger simulator

connect ESDADfriend to AliESDfriend, mark AD as trigger detector,(ALIROOT-5766 M.Broz)

Add chromatograph's DP aliases for TRD in simulation

Let the aliases for test be the same as for production

Let GetAll be aware of specific version

Modify GetAll so that it is aware of a specific (subversion) set via
SetSpecificStorage, as was already the case with Get.
If both the arguments passed to GetAll and a previous call to
SetSpecificStorage specify a (sub)version, then precedence is given to
the one specified via SetSpecificStorage.

file not needed for par file creation

Code cleanup and bug fix Fixed valgrind warning concerning conditional jump on undefined values. Now events with low multiplicity - even without any recpoints on some layers - are properly handled.

Add some TRD aliases.

... and size this opportunity to merge contiguous small aliases
intervals into a single one. Now, for
trd_chamberStatus
trd_envTemp
trd_hvAnodeImon
trd_hvAnodeUmon
trd_hvDriftImon
trd_hvDriftUmon
the range is the whole [0,540[, but for the three ``PHOS holes'':
[402,407], [432,437] and [462,467]

remove old PAR creation directories

CMake: Define configuration variable as CACHE

 - Define all configuration variables as CACHE to be accesible
   from ccache
 - mark_as_advanced different variables from the Find macros

PAR: added example in CMakeLists.txt

PAR: list of headers from CMake

Like that we can include also the "extra headers", i.e. those header
files with no corresponding .cxx

PAR: do not prepend ./ to extra include paths

This allows to specify absolute paths

PAR: check for FastJet in PAR's Makefile

PAR: consider FastJet includes where applicable

debug printf removed

small update
rascanu@ikf.uni-frankfurt.de

properly handle AliHLTEventDDLV2

additional changes needed to handle the new AD detector DDL readout
+some CDH3 related fixes (to be verified)

test changes related to AD det addition

correcting DDL bit for AD and HLT

Add the AD detector in AliHLTReadoutList

be backwards compatible with older formats

Conflicts:
HLT/CMakelibHLTbase.pkg

Digitizer goes directly from photons to amplified charge

fix buffer allocation

Reconstructor to fill new ESD, Digitizer reading new OCDBs and macros to crate them

Merge branch 'feature-parfiles'

PAR: output list of enabled PARfiles during CMake

PAR: install PARfiles (if they were created)

PAR: loading library in SETUP.C

PAR: PARfiles for TTherminator

PAR: added optional, extra includes

PAR: cleanup of debug messages

PAR: list of sources provided by CMake

CMake: prepend_prefix() to every elm in a list

CMake: install_relative() to keep paths in inst

PAR: preserve relative paths in PAR generation

Uses rsync. Problem triggered by the TTherminator module

PAR: enabled PAR for ANALYSISalice

PAR: pass proper defines for certain ROOT features

Notably we are passing define variables for XML and AliEn

PAR: get Makefile.arch from current ROOT inst

We cannot use our current one as we are creating PARfiles on one machine
but we are using them on another

PAR: enabled some PARfiles (tested loading)

PAR: changed macro name and added instructions

PAR: generate rootmap

PAR: gen dicts using compiler's preprocessor

PAR: SETUP.C macro to load library and set paths

PAR: support parallel builds

PAR: Makefile works on rebuild and has colors

PAR: prototype of common PARfiles generation

CMake: FindROOT returns etcdir

swapped ref. to ALICE_PHYSICS

update for AD from M.Broz, see ALIROOT-5766

online reco config file now is being installed and read from installation directory

Important fix for stack overwrite produced by AliESDtrack::GetIntegratedTimes which was ignoring the size of the array given as input. Fixed also the callers of this, which should specify the size.

ATO-138, ATO-18 -   dEdx calibration description - code to enable visualization of intermediate results

CMake: Propagate DATE flags to dictionary generation

CMake: Propagate compilation flags to the dictionary generation

Compilation flags have to propagated to the dictionary generation,
especially the defines
- general definitions, as set per project(Ex: ROOT -DWITHXML)
- custom definition per library such as ALI_DATE

ITS/UPGRADE: additional headers

fixed include in EveBase CMakeLists and path to online reco config file

DQM monitoring histograms grouped into sub-directories

Corner modules removed and charge particled included in HITS

full chain fo extended geometry

V0C as air volume added and 4 corner modules T0C removed

Cache n DCS time-bins to avoid large cpu overhead

Minor updates for chamber status (Raphaelle)

Update of simulation

CMake: fixed wrong set

CMake: same deps for linked libs and rootmaps

CMake: Adding missing ALI_DATE flag

After the cmake reimplementation some modules are missing
the ALI_DATE flag

Log the trigger mapping version

Move initialization from def to std ctor

increase phiMax to avoid error message

CMake: Install missing headers for AliPythia6

Install misiing headers
- PythiaProcesses.h
- PyquenCommon.h
Jira ticket: ALIROOT-5767

CMake: STEER, adding AliConst.h to the installed headers

Jira ticket: ALIROOT-5767

Ignore streamer of raw header v3_14.

To avoid tons of warnings, we do as we did for v3_9 to v3_13.

Doc: Build DA using the target name ${DETECTOR}${ALGORITHM}da.exe

Adding the second option to build DA by target name

Doc: Reminder to source date setup.sh before running cmake

If DATE is enabled setup.sh has to be sourced before running cmake

CMake: ZeroMQ - removing mandatory requirement for static library

FindZMQ: removing mandatory requirement for static library,
SLC 6 development package does not contain it

ALIROOT-5769: Better handling of the error (R. Preghenella)

PWGPP-102, ATO-138, ATO-135 - ClusterParam adjusted - MIP at 50 fliat in theta

PWGPP-102, ATO-135 - dNdx adjustement for the MC simulation

PWGPP-102, ATO-138, ATO-135 - Adjusting dNdx parameterization for ALICE MC ( NeCo2)